經顱電刺激和磁刺激的區(qū)別在于治療方法不同、針對病癥不同、作用機制不同。

1、治療方法不同：經顱電刺激是用微弱振幅的電流刺激大腦中數(shù)十億的神經元細胞，影響大腦活動過程的一種方法。經顱磁刺激是指通過對控制肌肉活動的皮質運動區(qū)施加磁刺激來記錄末梢肌肉的運動誘發(fā)電位，通過檢測這種電反應的大小評估皮質運動區(qū)興奮度的一種方法；

2、 針對病癥不同：經顱電刺激是針對焦慮、抑郁及兒童相關疾病的一種安全、有效的治療方法。經顱磁刺激通常針對于中樞神經損傷類疾病，如腦梗死、腦出血以及其后遺癥的康復，而且對于癲癇、失眠、戒酒等有一定療效；

3、 作用機制不同：經顱電刺激可以刺激機體分泌釋放能夠調節(jié)個體情緒與認知的各種神經介質，影響和改善異常的腦電波，從之前不正常的狀態(tài)回歸到正常的狀態(tài)，迅速改善生理信號，如心率、血壓、肌肉緊張度、皮溫等，從而有效控制緊張、焦慮、抑郁等，調節(jié)情緒狀態(tài)。經顱磁刺激可以調節(jié)神經遞質和受體作用，促進腦源性神經營養(yǎng)因子的生成，為神經損傷的修復起著重要作用，可以控制受體的敏感性。